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我們可以將PCR儀分為：梯度PCR儀，原位PCR儀，實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀，普通PCR儀四類：

一、梯度PCR儀：把一次性PCR擴(kuò)增可以設(shè)置一系列不同的退火溫度條件，通常12種溫度梯度，稱為梯度PCR儀。

主要用于研究未知DNA退火溫度的擴(kuò)增，這樣節(jié)約成本的同時(shí)也節(jié)約了時(shí)間。它主要用于科研，教學(xué)機(jī)構(gòu)。

二、原位PCR儀：用于從細(xì)胞內(nèi)靶DNA的定位分析的細(xì)胞內(nèi)基因擴(kuò)增儀，如病源基因在細(xì)胞的位置或目的基因在細(xì)胞內(nèi)的作用位置等。原位PCR儀不但可以檢測(cè)到靶DNA，又能標(biāo)出靶序列在細(xì)胞內(nèi)的位置，于分子和細(xì)胞水平上研究疾病的發(fā)病機(jī)理和臨床過(guò)程及病理的轉(zhuǎn)變有重大的實(shí)用價(jià)值。

三、實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀：在普通PCR儀的基礎(chǔ)上增加一個(gè)熒光信號(hào)采集系統(tǒng)和計(jì)算機(jī)分析處理系統(tǒng)，就成了熒光定量PCR儀。其PCR擴(kuò)增原理和普通PCR儀擴(kuò)增原理相同，只是PCR擴(kuò)增時(shí)加入的引物是利用同位素、熒光素等進(jìn)行標(biāo)記，使用引物和熒光探針同時(shí)與模板特異性結(jié)合擴(kuò)增，該儀器主要用于醫(yī)學(xué)臨床檢測(cè)，生物醫(yī)藥研發(fā)，食品行業(yè)，科研院校等機(jī)構(gòu)。

四、普通的PCR儀：把一次PCR擴(kuò)增只能運(yùn)行一個(gè)特定退火溫度的PCR儀，叫傳統(tǒng)的PCR儀，也叫普通PCR儀。如果要做不同的退火溫度需要多次運(yùn)行。主要是做簡(jiǎn)單的，對(duì)目的基因退火溫度的擴(kuò)增。該儀器主要應(yīng)用于科研研究，教學(xué)，醫(yī)學(xué)臨床，檢驗(yàn)檢疫等機(jī)構(gòu)。